Durante el Congreso Nacional de la Sociedad Española de Fitopatología que se celebró del 8 al 11 de octubre en Toledo, miembros del grupo de viticultura recibieron el premio al mejor trabajo científico presentado en formato póster.
En este estudio coordinado por el Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (ICVV) en colaboración con la Estación de Viticultura y Enología de Galicia (AGACAL-EVEGA) y el Instituto Agroforestal Mediterráneo de la Universitat Politècnica de València (IAM-UPV) se investigaron los cambios en la dinámica de las comunidades fúngicas en el suelo, la rizosfera y la raíz en cinco viñedos jóvenes de La Rioja mediante secuenciación masiva de amplicones de la región ITS2 con el sistema MiSeq de Illumina. Además, se puso a punto un protocolo innovador de cuantificación absoluta de hongos asociados al pie negro de la vid basado en la tecnología de la droplet digital PCR (ddPCR), y se comparó su eficiencia y sensibilidad con el sistema convencional de cuantificación relativa de PCR en tiempo real (qPCR). La diversidad fúngica fue similar en el suelo y la rizosfera en todos los niveles taxonómicos.
Se observó una reducción en la riqueza de especie fúngicas en la raíz comparado con el suelo y la rizosfera, especialmente a nivel de familia y género. Además, se determinó un porcentaje de microbiota estable entre viñedos (41,4%) y entre fracciones suelo-planta (49,6%). El análisis linear discriminante identificó varios géneros fúngicos que ayudaron a explicar las diferencias entre fracciones suelo-planta, como por ejemplo la abundancia de especies del género Ilyonectria, uno de los principales géneros asociados al pie negro de la vid, en raíz de plantas asintomáticas. En cuanto a la cuantificación de hongos asociados al pie negro, se observó un incremento significativo en la abundancia de estos patógenos en la raíz y la rizosfera con respecto al suelo. Las dos técnicas de cuantificación mostraron límites de detección similares con una correlación significativa en la eficiencia de cuantificación en las muestras de suelo y raíz (R2 = 0.97). Estudios previos han demostrado que los genotipos de vid son capaces de seleccionar la microbiota rizosférica y que parte de esta microbiota que coloniza la raíz puede migrar hacia la parte aérea de la planta afectando de forma indirecta a la calidad del fruto.
Los resultados de nuestra investigación ayudan a mejorar el conocimiento sobre la dinámica de poblaciones fúngicas del suelo a la raíz y la capacidad de la planta de seleccionar la microbiota de la rizosfera. Además, nuestros resultados indican que los patógenos asociados al pie negro de la vid pueden colonizar la raíz sin causar síntomas de la enfermedad, lo cual abre nuevas líneas de investigación sobre el carácter endofítico de estos hongos en la vid. La ddPCR se ha mostrado como una técnica sensible y precisa para cuantificar de forma absoluta los patógenos asociados al pie negro de la vid, reduciendo las dificultades del manejo de muestras y aumentando la eficiencia debido a la reducción de inhibidores en la PCR.
